隆武五年春三月二十七，福建总镇郑芝龙统率福建水陆官军五万人，并御营中军五千人，誓师出发。
大军只花了区区一日，就抵达澎湖巡检司。这里说是大明的领地，还设置了巡检司，实际上早就没了明朝的驻军和官吏。郑芝龙既然收台，那么澎湖就是连接台湾与福建的关节点，必须要留人驻守。
原本郑芝龙想的是直接把甘辉留在澎湖，既可以给甘辉一个稳守后路的功劳，又能避免甘辉那些落后的桨帆船参战，然后战果难看。
可是甘辉完全不肯，他直言自己就是来为朱由桦挣面子的，不能够躲在后面。既然他都这么说了，郑芝龙也没有办法。只能另外留了一营部将在澎湖，并命他垒土筑城。城也不需要多大，有个几百步方圆即可。
澎湖主要还是发挥一个中间联络点，补给站和避风港的作用，并不是说要把澎湖建设成什么地方要塞，抗拒八方。
对了，郑芝龙和郑森不同，郑芝龙就是从台湾起家的大海盗，对于台湾的水文地理非常熟悉，回台湾就和回自己家一样。鹿耳门初一十六的大潮，根本不需要别人告诉他，他自己心里面门清儿！
所以才选择三月二十七这个日子出发，用三天的时间赶到台湾外海，然后趁着大潮，一路杀进鹿耳门。
所谓的鹿耳门，乃是外海进入台江的要道。外海进入台江，一般走的是大员港，叫南航道，在北线尾与一鲲（鱼+身）之间；一条是北航道，在北线尾与鹿耳门屿之间，即“鹿耳门航道”。南航道口宽水深，船容易驶入，但港口有敌舰防守，陆上有重炮瞰制，必须经过战斗才能通过。北航道水浅道窄，只能通过小舟，大船必须在涨潮时才能通过。
四月初一中午，鹿耳门海潮果然大涨，郑芝龙随即命令众将士按图迂回而进。郑军大小战舰顺利通过鹿耳门后，立即兵分两路：一路登上北线尾，一路驶入台江，准备在禾寮港（今台南市禾寮港街）登陆。
到了此时，台湾岛上的荷兰军，才发现郑军真的攻打了过来，一时间大为惊慌。费尔勃格虽然早有预期，可还是手忙脚乱，难于调度。
他先是下令，将城下还在的士绅，都拘留进城，以这些人为人质，使得城外的民众不敢明目张胆的协助郑芝龙。同时再度派船，向巴达维亚的东印度公司总部告急，这回是真的急，急的没法了。
郑军那是铺天盖地的袭击而来，凭岛上的这点子守军，只有困守一城的本事。固然城内有大量的粮草和弹药，足可以支应半年以上，但是郑军人这么多，看着总归有些虚。
主要还是荷兰人真的和郑芝龙打过，而且还输了，心中天然有一个预设的前提，导致他们面对郑芝龙会有相当的忌惮。
城要守，判要谈！
费尔勃格立刻派遣何斌出城，与郑芝龙商谈。何斌在荷兰总督府担任通事，实际上也担任贸易商人，甚至偶尔兼职做海盗。和影视剧作品中的中老年文士形象完全不同，郑芝龙眼前的何斌，是个腰背有力，常年在海上拼搏的大汉。
出了城的何斌，根本就没准备继续和荷兰人合作，二话不说就把费尔勃格给卖了。不仅将赤嵌城和普罗民遮城的虚实尽数告知郑芝龙，还建议郑芝龙招抚高山族人，避免和高山族人产生矛盾，影响战局。
话说的很有道理，郑芝龙立刻让何斌持明王朝的文书去招抚南北路土社高山族人，明军的刀枪弓箭，在高山族人那里非常受欢迎。
于是超过两万名高山族人下山，协助明军登陆，手提肩挑，将福船上的大炮搬运到陆地上，彻底切断赤嵌城和普罗民遮城的联络。
登岸的郑芝龙随即部署大军，命令福州镇左协王大雄、右协陈蟒率领大船控制鹿耳门海口，以便接应后续船队登陆；令泉州镇陈泽率兵防守北线尾一带，以保障主力侧后安全，并置普罗民遮城荷军于腹背受敌的境地，另派兵一部监视台江江面，切断赤嵌城与普罗民遮城的联系，为从海、陆两面打败荷兰军的反扑作好了准备。
情知久守必定无功的费尔勃格，随即派遣四百人出城攻击郑军，试图将郑军赶下陆地，重新打通两城的联系。
此时此刻，郑芝龙的那支黑奴火枪队展现出了相当的战斗力。甘辉指挥这些划拨到御营中军的黑奴，与荷兰军展开了激烈的排枪对射。南京兵仗局打造出来的斑鸠铳和燧发枪，不断地施放铅弹。
大小也号称欧陆一支强军的荷兰军队，居然和黑奴火枪队排射不分上下。此时黄斌卿带兵抄后，将出城作战的荷兰军包围。
被两面夹击的荷兰人终于崩溃！
望着前来援救的荷兰军溃败，普罗民遮城内的荷兰军大为惊恐，为了督促普罗民遮城投降，郑芝龙随即派人入城告知守将，投降一概不伤性命，同时允许保留财产，体面离开。
很可惜，普罗民遮城还是准备负隅顽抗，并且不断派人和赤嵌城联络，试图发起一场合击，将郑军赶下海。
心中冷笑的郑芝龙知道普罗民遮城在期待着什么，他们所期待的无非就是赤嵌城港内的四条荷兰军战舰，以及六条荷兰东印度商船。这十条船的火力加起来，顶的上郑军二十条夹板大船，乃是“海上马车夫”纵横全球，最为骄傲的本钱。
唯有将荷兰人的海军也击败了，普罗民遮城内的荷兰军才会彻底死心，最终向郑军投降！
那么这场仗该怎么打？郑芝龙紧紧地盯着海面，心中多少有些迟疑。荷兰海军船少，但是不论人船，都极为精锐，这一点不可否认。郑军船多，可是炮不如人家，港湾内也没有办法进入几百条战船。几十条战船进入和荷兰人交战，那胜负肯定就不是那么好预料得了。