祖大寿谨慎的派出骑兵追击东虏三十里之后，主力则进入锦州城。虽然只是短短的三天时间，但是东虏对锦州城进行了大肆的破坏，沿着城墙根掏出大洞然后灌上柴草火油进行闷烧，将城砖烧红之后再浇上冷水，冷热之间城砖都直接破碎，随即整面的城墙轰然倒塌。城内有价值的房屋，例如总兵衙门、兵备道衙门、军械库、粮库等，也都被早早地堆上火油柴草，蒙古军撤退之际，城内的东虏赶紧的四处防火，辽东军虽然奋力扑救，也无能为力，只能眼睁睁的看着大火笼城。
随后孙传庭干脆命令大军在城外东虏原有营地驻扎，等待城内火势渐小之后再行灭火，同时开始筹划重修锦州城。坍塌的城墙让修复失去了价值，唯一可行的办法就是寻找地方重新建造新的城墙。
根据之前与赵石的交流所得，孙传庭准备废弃之前锦州的方方正正的城墙结构，改为采用棱堡式结构，以充分的发扬火器的优势。同时考虑到锦州西面和南面临河，为了节省工期和费用，干脆省掉西面和南面的城墙，直接以之前西北角为起点，到西南角修筑一面半圆弧状锯齿形棱堡城墙，将整个西面和南面数百丈长的河岸防护在内。每个锯齿就是一个棱堡的角，可以有效的对两侧的城墙形成侧翼的火力杀伤。
同时孙传庭计划在城墙防护的河岸上修建两到三座永久性的石桥，通向小凌河的南岸，如此能够有效、快速的往来南北两岸调动兵力，这样东虏也就无法彻底的围困锦州城了。而为了保护石桥，还需要在河的南岸在修建一座城，或者像是北岸一样围绕河岸修建城墙，如此南北两岸两座城，以石桥相连，形成了夹城结构，东虏除非能够在南北两岸都形成兵力优势，南岸阻挡明军援兵，北岸攻克坚城，否则想要彻底攻克锦州几乎是不可能的。因为明军可以通过夹城、石桥源源不断的增援北岸。
这倒也不算是创新，南北朝时期，周齐对峙最关键的就是洛阳城，而洛阳城最关键的就是横跨黄河的河阳浮桥，北齐拥有河阳浮桥，援军就可以源源不断的跨过黄河增援洛阳城。因此围绕着河阳浮桥，之前的东西魏，之后的周齐两国爆发了数次大战。为了有效的防御河阳浮桥，北齐在浮桥的北岸、南岸和中间的江心洲分别修建堡垒，命名为河阳城、河阴城和中潬城。
孙传庭构建新的锦州城防御体系，也是参照了这一点，充分的发扬明军拥有水师的优势，那么东虏就再也不可能攻克锦州城。而且孙传庭也对刘重元的战略很有信心，他相信东虏也不会再有围攻锦州的机会了。
东虏早已经大举撤退，追之不及，留守的后卫是蒙古轻骑，一人双马甚至三马，更是没有追的必要了。于是孙传庭只好一面向京师报告，一面派快船出海到盖州，通知盖州方向的北洋军提高警惕，东虏可能已经将打击目标转移到那个方向。
收到前线的军报，刘重元又是担忧又是高兴，担忧的是东虏撤退的如此之坚决如此之快，恐怕是别有图谋，最大的可能性就是准备奔袭盖州方向的北洋军。不管怎么说这次的锦州之战辽东军和督标营是战败了，若是北洋军再来一次大败，恐怕皇帝和朝廷都会质疑他刘重元的运筹能力，他立足朝堂最主要的根基就要动摇了。而且，他所一力倡导的三边进逼战略将有可能被完全放弃。
喜的是他准确的判断再次赢得了皇帝的信赖。锦州的得而复失让皇帝对于刘重元的战略判断能力更加信任，同时也对这次的锦州之败不至于那么的恼怒和介怀。虽说损兵折将，虽说锦州曾经失守，但是东虏也照样损失很大，锦州城又回到了大明手中，那么这次的失败也不是不可以接受。
因此，皇帝也开始重新认识这次大战，对于大战的有功之臣也不吝封赏，刘重元自不必说，作为中枢指挥运筹帷幄之中，自然是首功，但是他无论是官位、爵禄都已经是顶级的了，可谓是升无可升奖无可奖，因此皇帝只是下旨撤销了之前因为谢三宾之死对刘重元的处分，爵位重新由伯升为侯。周延儒作为首辅也同样受到嘉奖，前线的孙传庭、赵石、祖大寿、祖泽远等将领也各有封赏。
皇帝也批准了兵部起草的督标营休假补充方案，同时诏令督标营的将领赵石、李信、李牟、李廷标、刘佑和刘冲进京觐见。其实刘重元心里面有个构想，就是将督标营改编成新的京营，成为大明的机动打击部队，充分利用其强大的战斗力，机动打击东虏的薄弱环节。本身，随着刘重元离开北洋，督标营应该由继任的北洋总督汪乔年接管，但是汪乔年并不懂打仗，根本无法发挥督标营的战斗力。而时而转到中原打击李闯，时而到辽东进攻东虏，再叫北洋军督标营已经很不合适了。
当然还有一个办法就是将督标营改成大将军孙传庭的标营，在他的手下应当能够发挥最大的战斗力，也是最合情合理的。但是刘重元还是颇有些纠结的，他还是希望手里面能够掌握一支强悍的部队，以应对大明各个战区随时可能出现的危局。那么最好的办法还是将其改编为京营。
想法虽好，但是因为之前的熊开元弹劾事件，为了防止引起皇帝的疑虑，刘重元暂时还没有提出来。只能慢慢
的等待机会。
东虏再次撤退，无功而返，满朝上下都松了一口气，皇帝心情也不错，终于被朝臣们说动，轻判了姜埰和熊开元，判处两人杖一百，流放三千里，总算是保住了一条命，也算让朝臣们满意了，也停止了聒噪，让朝中安静了两日。
这一日大朝，太阳早早地升起炙烤着大地，虽然还是早晨，穿着整齐官服的官员们，暴露在太阳下，不一会儿就被晒得满身是汗，即便是殿内的大臣，也因为闷热而很是难受。大大小小的臣子们，都没有心思奏报上书，只想着赶紧散朝找个凉快地儿好好休息。
眼见着内阁军机六部九卿各大衙门相继例行公事的奏报完毕，王承恩已经连喊了两遍：“有事早奏、无事退朝！”，也没有大臣站出来，若再喊一遍就会散朝了，一众大臣们纷纷放松下来准备着往回走了。
可就在王承恩已经张开口喊第三声的时候，一个声音高喊着从殿外而来，“微臣有本启奏，微臣有本启奏！”，一个绿袍小官从殿外广场的最外层一路小跑着的跑到殿前，进殿之后才放缓脚步走进殿内。
因为跑的匆忙，这官员满头大汗，身上的官服也被汗透了，乌纱帽也跑歪了，让一众大臣看的忍俊不禁。而御座上的皇帝看了直皱眉头，一脸的不喜，如此失仪何堪为官，难怪只是个九品微末小吏。
这官员看起来约莫五十多岁了，斑白胡须，都有些驼背了，进到殿内赶紧一头跪倒在地，然后高呼：“微臣许耿施有本启奏！”殿中侍御史连忙上前，拉着许耿施往前再走十余步，这样皇帝才能听清楚他说什么。
许耿施重新行三跪九叩大礼，然后说道：“微臣许耿施有本启奏！”
皇帝更是厌恶，淡淡的说道：“奏来！”
许耿施全身匍匐在地，大声说道：“微臣要弹劾吏部文选司郎中吴昌时贪污受贿！”
一时满殿皆惊。