杨嗣昌心中一寒，当然不能让皇帝行此暴虐之事。任职首辅半年来，杨嗣昌自觉时日不多，也逐渐放下过去太过谨慎的作风，对皇帝的一些行为多有进谏，总是规劝皇帝要宽以待下，慎用刑罚，以收士大夫之心。因为国事日好，前方胜仗不时传来，皇帝信重之下，也逐渐改变了过去的一些暴戾的做法。陆续起用了刘宗周、范景文、郑三俊、李邦华、倪元璐等人，并给罢职死去的文震孟追赠了封号以示褒扬，似乎又恢复到了即位之初欣欣向荣一堂和气的状态。
尤其是重新启用刘宗周和黄道周两位最负盛名的理学大师，在士大夫之中有着巨大的声望，只是两人多次犯言直谏，甚至与皇帝当庭辩论，尤其是黄道周一贯耿介忠直，在崇祯十一年七月平台召对之时，与皇帝当庭辩论让皇帝十分下不来台，当时在场的刘重元心都在咚咚的跳，有三次觉得皇帝动了杀机会召来锦衣卫将黄道周送入诏狱，在为黄道周担心的同时也深深的钦佩其犯言直谏宁死不屈的勇气。
黄道周和刘宗周被一贬再贬，贬无可贬，皇帝依然不解气，每当有朝臣上书请求宽恕两人时，不仅不答应就连上书之人也被重责。而在四月份时，在杨嗣昌的规劝下居然能够召回黄道周和刘宗周二人，将两人官复原职。
同时，因为皇五子案，皇帝对太监大为失望，不仅是召回派驻各地的监军太监，就连在朝中也大为排斥太监，每当与阁老议事，总是将太监们赶得远远地，不再让他们参与朝政。杨嗣昌还建议皇帝清理东厂诏狱，将诏狱中关押的上千囚犯甄别审理，确有罪行者下法司严惩，而绝大部分无罪或者被遗忘在诏狱的，则立即无罪开释各自归家，一下子有数百名文武官员得以离开地狱一般的东厂诏狱。
一时间，朝中渐渐有了人气，政局稍微好转，大臣也逐渐敢于开口进谏言事，而不再像过去一样万马齐喑。
而现在，皇帝居然又有了开诏狱的心思，杨嗣昌怎么可能答应，连忙规劝道：“皇上不可啊，微臣听说方一藻已经病入膏肓，药石无解，每日在家中或是暴躁乱动，或者痴傻不堪，将其投入诏狱，只恐有损皇上圣德！”
皇帝一听顿时打消了年头，将一个疯子关进诏狱，岂不是天下人的笑柄。当即愤愤的说道：“哼，便宜他了！传旨，方一藻督辽劳师糜饷、孰无可陈，以致辽东糜烂不能挡东虏，本当治罪，念起病重姑且免议，着与其子俱削职为民，子子孙孙永不叙用。”
见皇帝意志坚定，杨嗣昌也不敢在劝，只好领旨。
这只是一个插曲，总的来说，自年初以来压在皇帝心头良久的锦州之围一朝得解，让皇帝总是振奋高兴居多。当晚兴奋之下还与田贵妃小酌了几杯，难得的睡了个好觉。
之后两天，内阁朝臣恭贺，皇帝入太庙以胜绩告慰列祖列宗，满朝上下、京师军民俱都兴奋不已。而就是在这个时候，祖大寿和刘重元的奏章一起到了内阁，杨嗣昌一看自然知晓事情的严重，虽刚刚面圣商讨抽调援军事宜出宫，又赶紧入宫再次请见，这也是他常有之事了。
皇帝先看了祖大寿的辞呈，先是一喜，那个让人讨厌的武夫终于知道害怕了，终于跪在自己面前乞求宽恕了。继而一惊，又想起了祖大寿在锦州的地位，想起了其对于抵御东虏的巨大作用，再想起刘重元担忧的东虏再次来袭，不由震恐。到最后，从喜到惊转而为怒，这种怒，既是恼怒祖大寿那暗暗的要挟之意，挟东虏以自重，又是羞恼于自己的无力，居然连果断拿下一个武夫的果敢都没有。
毕竟不是十年前了，十年国事日衰各种坏消息的鞭笞，已经让皇帝成熟了不少，也稳重了很多。放下祖大寿的奏章，拿起刘重元的折子，这封奏折主要是针对祖大寿的请辞谈及自己作为督师的看法，提出自己的意见，这也是题中应有之意，作为辽督，麾下头号大将请辞，即便是他不主动上书，朝廷也要征询他的看法。
刘重元的意见当然是要挽留，想尽办法挽留祖大寿。当前辽东可谓是最虚弱的时候，连番大战损兵折将，虽然刚刚解了锦围，但是济尔哈朗实力未损，只要沈阳增派一万援军，随时可以卷土从来。在这个节骨眼上，若是祖大寿离任让辽东动荡，东虏很有可能一口气攻下锦州、松山、杏山等城，直接进围宁远，辽东局势可能崩盘。
更要提起注意的是，上次大凌河之战，祖大寿虽然逃回了大明，但是却将大批部件、子侄留给了东虏，其中就包括其从子祖泽润，二子祖泽洪，义子祖可法等人，还有部将张存仁、刘天禄等数十人，有兵丁上万人。而黄台吉不仅没有因为祖大寿的出逃怪罪这些人，反而叠加赏赐，大加任用，祖泽润、张存仁都已经做到了汉军八旗固山额真的高位，其他人也都各有职级。
这些年，黄台吉十分重视劝降祖大寿，或是亲自写信，或是让人带话，或是让祖泽润、张存仁等人写信劝降，两方往来使者、书信不断。若是处理不好祖大寿的请辞之事，让其惊恐之下生出叛逆之心，则辽东危矣，大明危矣。
因此，出于安抚祖大寿稳定辽东的考虑，刘重元请求皇帝和朝廷，效法当年汉高
祖封爵雍齿的故事，尽心挽留祖大寿，绝不会有秋后算账的可能，以实际的行动让其安心为朝廷效力。
熟读史书的皇帝当然知道汉高祖封爵雍齿的故事。说的是大汉初定，汉高祖刘邦因为功臣封爵一事闹得朝中动荡，刘邦问计于张良，张良问刘邦朝中大臣最痛恨谁，刘邦答说是雍齿，两次背叛让自己窘迫奔逃，定要找机会杀掉。张良就建议首先封爵雍齿，以安诸功臣之心，刘邦咬牙照此执行封雍齿为什邡侯，食邑二千五百户。果然群臣见刘邦连雍齿都封侯，何况自己，朝中很快就安定下来。
刘重元的建议就是两项，一是封爵祖大寿，赐以丹书铁劵，世袭罔替，如此郑重封爵，当能安祖大寿之心。以其为国征战四十年的功劳，虽然军功上有些勉强，但是以辛劳封个伯爵倒是说的过去的。
另一项刘重元说的颇有些隐晦，但是聪敏的杨嗣昌和皇帝都看的很明白。奏折中述及与祖大寿的多番交谈，祖大寿对袁崇焕总怀崇敬推崇之心，对于袁崇焕的被桀惨死愤恨不已也充满了怜悯。不仅仅是祖大寿，在袁崇焕麾下的辽军将士多有此心，对此皇帝也是十分清楚的。
刘重元认为，出于怀柔祖大寿的考量，是否能够重议袁崇焕之罪。现在看起来，袁崇焕擅自杀毛文龙是有罪，但其他几条大罪则颇有些勉强，以擅杀毛文龙之罪桀死袁崇焕实在是过重，也不怪辽军上下幽愤不已。
朝廷是否考虑重新议罪袁崇焕，赦免其家人，同时正式下诏谅解当年祖大寿和辽军哗变东归之举，如此定能安祖大寿之心，慰辽军上下军心。