当初议定袁崇焕有六条大罪：付托不效，专恃欺瞒；市米资盗；谋款斩帅；纵敌长驱顿兵不战；援兵四集尽兴遣散；敌军兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城。
所谓付托不效，专恃欺瞒，说的是皇帝任命袁崇焕为蓟辽督师之时，袁崇焕口出豪言要五年平辽，结果第二年乙巳之变东虏就兵临京师城下。且不说皇帝只给了袁崇焕两年时间还没到五年，就算是五年没有平辽，就该以此治罪了？
大臣在上任时提出一个奋斗的目标，主观愿望当然是朝着这个目标努力，可是局势的发展往往并不以个人的主观努力就能好转的，还要看客观条件是不是能够支持，敌人会有什么应对。历史上壮志未酬、功业中道崩沮的人臣多了，能去治罪吗？
诸葛亮当年上《出师表》说要：当奖率三军，北定中原，庶竭驽钝，攘除奸凶，兴复汉室，还于旧都。诸葛亮完成了吗？没有完成有谁指责他托付不效了吗？
所谓市米资盗，是说崇祯二年整个辽东发生大饥荒，袁崇焕以军粮救济逃难而来的喀喇沁部蒙古，而喀喇沁又将部分粮食交易给了东虏。这前面已经说过，被救济的喀喇沁部，成为辽东军甚至整个明军最为精锐的骑兵兵源地，为之后十余年大明立下了汗马功劳。这都是有目共睹的。
所谓纵敌长驱顿兵不战、援兵四集尽兴遣散；敌军兵薄城下，又潜携喇嘛，坚请入城。这三条都是乙巳之变中袁崇焕的反常之举。在东虏突然越过关宁锦防线，绕行蒙古直接杀到京师城下，军情错综复杂的情况下，很难一时看得清楚某项举措的得失利弊、正确与否，即便是错的，是主观犯罪还是客观失误？事实上之后没多久就已经证明乙巳之变中袁崇焕是有失误，但是说勾结东虏，让其直薄京师城下，肯定是没有的。
因此，袁崇焕真正能被确认的罪名只有一项，那就是擅自斩杀毛文龙。毛文龙作为一品左都督、东江总兵，手握皇帝赐予的尚方宝剑，袁崇焕是绝对没有权利未经请旨擅自斩杀的。所以杨嗣昌的奏请，就是以这一条来重议袁崇焕之罪。
刑部议定，仅以擅杀大将议定袁崇焕之罪，论罪为贬官流放三千里。皇帝当即允准刑部所议，以袁崇焕已死，恢复其部分名誉，赦免其家人，允许从流放地返回东莞老家。
其实，很多的官员都明白，若非是估计皇帝的面子，完全可以直接给袁崇焕全部平反。名为抗击东虏的大将，其实就是个半割据的军阀，做到东江总兵官后，养尊处优、骄奢淫逸，一天要吃五六次饭，菜品多达五六十个，小妾有八九个，都是一身珠光宝气，侍女如云，管家三十多个，负责传达室的门子三十五个，奴仆数百，亲军数百，姓毛的义子义孙三千人，赫赫扬扬，宛如海外天子。毛文龙视东江镇官兵以及辽东难民为自己的升官发财的台阶，不容朝廷和他人染指，当然也不会以此为基础去光复辽东，从未想过整军经武收复失地，只是以小股部队袭扰东虏，偶尔斩获一两颗东虏人头，就夹杂大量的汉人百姓头颅送到京师去报捷请赏。
崇祯元年，登莱巡抚识破了毛文龙杀良冒功的行径，截住了赏银，毛文龙居然就率领数百战船上万人马进逼登州城，对付东虏他倒是从未动员过如此大的力量。如此取死之道，即便不是不被袁崇焕杀掉，也不会被眼里容不得沙子的皇帝杀掉或者干脆投降东虏。
看看袁崇焕重用的三员大将，赵率教乙巳之变中战死在三屯营，何可纲在大凌河之战中不愿投降东虏而被祖大寿杀死，帮助祖大寿取得黄台吉的信任，最后一员大将祖大寿虽然在大凌河之战中因粮尽援绝投降，但很快使计逃回大明，重新成为抗击东虏的大明第一将。
相比之下，毛文龙麾下都是些什么人，孔有德、尚可喜、耿仲明、沈志祥、李九德、毛承禄，一个两个的全都与东虏有血海深仇，却为权势投降东虏，成为东虏进攻大明的马前卒，无耻程度令人作呕。
仅仅从部下就能看出袁崇焕和毛文龙的区别，谁是真心抗击东虏，谁是忠贞爱国，一目了然。
理所当然的，皇帝也正式下诏，赦免乙巳之变中辽东军上下所有人哗变东归的举动，从今往后任何人不得再议论此事。
追录祖大寿从军四十年功绩，尤其是与东虏战前后二十年，战功赫赫，兵部和礼部议定，不封爵无以酬其功，请封其为伯爵。皇帝允其请，亲自拟定册封祖大寿为左安伯。
诏令一下，祖大寿先喜后惊。喜者，横亘在心中十年的石头终于落了地，自己终于能够平安着陆；惊者，则是左安这个封号，让祖大寿心惊胆战，当日率领辽东兵马鼓噪东归时，辽东军正是驻扎在京师的左安门外。这显然是皇帝明目张胆的告诫祖大寿和天下人，虽然那件事不追究了，但是朕心里却没有忘。
这也令杨嗣昌和刘重元等非常无奈，皇帝有时候的决定就是这样让人无语。
这一番事情忙完，刘重元和祖大寿急匆匆的赶到宁远，锦州的局势恶化的十分严重了。在豪格的率领下，东虏四万多大军围绕着锦州展开，前锋甚至突入到宁远城。锦州城内的祖大乐会同松山城内的刘肇
基，杏山城内的吴三桂，频频出击，内外协同夹击东虏，奈何此次东虏兵力强盛，矢志于报上次败战的一箭之仇，而祖、吴和刘三人，摄于东虏势大，刚刚恢复的作战信心又被压制下去，并不敢放手一搏与东虏决战，一退再退之下各自退回城中坚守，让东虏再一次分割包围了锦州城。
当刘重元一行趁着夜色进到宁远城内的时候，接到的战报，上次锦州解围后收复的锦州城周边坞堡也再次被攻陷，同时东虏步兵正会同大批的奴隶阿哈，环绕着锦州城修筑连壕和营寨，试图彻底困死锦州城，目下，通向锦州的道路已经完全断绝，往来信使十人至少五人留下性命在城下。
形势虽然很急迫，但大致仍然在刘重元的预料之中，倒并没有什么太大的关碍，从锦州回京师之前他和祖大寿已经做好了妥善的安排，祖大乐率领万余步骑兵负责锦州城防，刚刚从甘肃调任过来的祖家家将祖宽负责率领降夷左右营在杏山，会同吴三桂所部一起负责外围突击东虏，再加上松山的刘肇基所部，构成一个完善的铁三角。看起来是东虏围困住了锦州，但其实是四万多主力被牵制在了锦州城下。
经过十余天二十多天的连续运输，锦州城内已经囤积了十多万石粮食，仓库堆的严严实实，就连周边的民房也被全部征用来囤放，足够城内万余官兵吃上一年有余。
现在就是两边角力对耗了，看谁耗得过谁。
刘重元和祖大寿之所以急匆匆的赶回来，主要还是担心东虏兵力太过强大。刘重元曾经尝试换个角度，从东虏一方思考，如何才能取得大胜，其中最让大明无计可施的一招，就是动员十万级别的兵力，分割包围锦州、松山、杏山和宁远四城，彻底锁死辽东军的机动兵力，如此大明要么集结大军前来解围，与东虏野战决胜；要么就只能眼看着东虏一座座的攻克宁锦。
当然十万级别大军，对东虏是空巢而出，风险极大，北洋军甚至能够倾巢而出的直扑辽阳和沈阳，风险与机遇并存。现在看黄台吉还是没有下定这个决心。
根据祖宽、吴三桂所部的战报，东虏兵力为四万多，以当下辽东军的实力无法野战解围，因此，刘重元在宁远与辽东军主要将领碰头之后，先是对辽东军进行简单地整编。整个辽东军战兵系统分为四部，分别由宁远团练总兵吴三桂、分练总兵刘肇基、由宁夏总兵改任杏山总兵的祖宽和辽东总兵祖大寿四位总兵统领。
祖大寿官爵最高，武职是左都督、挂前锋将军印辽东总兵，爵位为左安伯。又是辽军宿将，德高望重，祖宽曾为其家奴，吴三桂为其外甥，刘肇基曾为其部下，因此刘重元任命祖大寿为提督军务，在刘重元不在时统一指挥四总兵作战。
祖大寿的直属兵马，一部留在锦州由祖大乐统领，另外一部降夷左右营由祖宽在统领，因此刘重元命令抽调于永绶、柏永馥和夏成德三副将以及其他四位参将、游击的兵马混编为辽东镇，这些兵马分散部署在宁远、中后所等地负责城防守御，刘重元准备等其他来援兵马一到接替防务之后，就将这些守御兵马集结起来作为机动作战兵力使用。这些老将，也只有祖大寿能够指挥的动。
刘重元命令动员辽东境内精壮，充实补充四总兵所部，按照每镇五营一万五千人的编制尽快完成满编，加紧训练备战，以为最后的决战做准备。