就在孙传庭与督标营乘船奔赴开封的时候，刘重元也在京师里开始了他的阁老生涯。之前虽然已经任职京官八年，但是由于一直专注于兵部事务，不大愿意卷入党争的漩涡，所以除了蒋德璟、祁彪佳等一些朋友之外，登门的访客并不大。
之后刘重元担任剿贼总理、北洋总督再到督师，一直出京在外，其他人也不好意思前来拜访。直到这次调入京中任次辅兼兵部尚书，更兼有侯爵爵位，深的皇帝的器重，一时引得朝野瞩目，访客纷沓而来，都快要把刘家的门槛都给踏坏了。
这些人中，大部分是为拉关系、求办事、求官位为主。这些年来京师里的风气越来越坏，求官、办事都是以贿赂开道，而如果说早些年月贿赂还稍稍遮掩，找个中间人来立个名目的话，这些年因为皇帝屡屡以贿赂重处官员，大家干脆直接转手，以免走漏风声。刘重元不堪其扰，干脆命令官家闭门谢客，明言若有公事请到内阁或兵部衙门商谈。并在府门前张贴对联一副：求官办事请往他处，公事军情莫入此门。一时引得朝野纷纷赞誉。
在紧张的处理了中原剿匪和辽东、北洋军务之后，刘重元发现自己一时间闲了下来，每日到内阁上值之后，奏折基本都被周延儒拿走票拟，他只能和其他阁老们大眼瞪小眼的竟日枯坐。
内阁的主要职责有两项，一项是备顾问，也就是皇帝有所疑问可以立即解答；第二项则是票拟，所谓票拟就是将天下官员上奏给皇帝的奏折写出一个处理意见。备顾问很简单，皇帝召见询以政事，内阁大学士要立即对照起过往的成例给出处理意见。而对内阁大学士来说最为关键的一项职责则是票拟。大明两京一十三省数万名官员，按照规定都可以向皇帝上书言事，这么多的奏章皇帝就算是铁人也看不过来，所以内阁就要将奏折先看一遍，然后提出处理意见，具体来说就是将处理意见写在纸条上，然后贴在奏章上一起送交给皇帝。
皇帝如果勤政，将奏章看一看，一般来说都是按照内阁的票拟用朱笔照抄一遍形成自己的谕旨下发执行，这称之为披红；皇帝如果懒政，将奏疏发给内廷司礼监，由司礼监代为抄写。所以，虽然看似只是票拟，只是向皇帝提出建议，但大部分时候其实跟直接写圣旨差不多，也因此，内阁大学士虽无宰相之实，却有宰相之名，地位崇高，成为大明士大夫的毕生梦想。
不过，同时内阁大学士，也有高下之分，首辅、次辅和其他阁老，是有着天壤之别的。一般来说，内阁首辅能够牢牢地把控票拟之权，他只要在内阁值房之内，所有的奏章都会送到他的手里，即便是他面前的奏疏堆成山，次辅和其他阁老也没有丝毫置喙的余地。
就像这一天，散了早朝之后，皇帝颇有些头晕说是昨晚看奏章太晚而着了风寒，所以草草结束了早朝之后，就会后朝休息去了，阁老们回到内阁值房，就见中书舍人碰着一摞摞的奏章走进内阁，周延儒长叹一口气说道：“哎，原想皇上龙体不适，朝中暂时也无大事，学生能和大家休息一天，却没想到又有如此多的奏章，今日恐怕又得睡在内阁咯！”.
“首辅勤于王事，日理万机，实乃我等之楷模！”东阁大学士陈演第一个跳出来，陇上前去拍马屁。
周延儒斜睨了刘重元一眼，施施然走向自己的桌案，令中书舍人们将奏折堆集在桌案上，一直将他完全掩没，然后开始静静的处理奏疏，文渊阁内只闻的丝丝的写字声音和翻阅奏章的声音，让一众阁老们只觉得一只猴子在身体内上蹿下跳，勾得人直欲发狂。
一连几天都是如此，刘重元都在内阁中枯坐，看着首辅周延儒发挥首辅的优越感，看着其他阁老抓耳挠腮却个个无能为力，刘重元自己也觉得无奈，某日居然在阳光斜照下睡着了，让其他阁老们看了个大笑话，随即很快就传遍了整个朝堂。
而即便是最能发挥的御前备询，刘重元也是小心谨慎不敢多言，除了涉及到军事、战略等问题，否则大部分时候，除非皇帝点名问道，刘重元也跟其他阁老一样，眼观鼻鼻观心的看着，因为他明白这是他最安全的处置方式。他在朝廷时间虽然长，但绝大部分精力都是放在了兵事上，对于其他财政、民生、人事等方面的政事很多他虽然又自己的见解，但是也不敢贸贸然的建议出来。
相反比起在翰林院打滚多年的周延儒等人，刘重元对大明过往的典籍制度、成法俗例了解的并不够，随便发言很容易暴露自己的无知。
因此，颇有些沮丧的刘重元干脆将主要精力放在兵部整顿上，尽量少去内阁浪费时间。继承自杨嗣昌，刘重元入阁同时兼掌兵部，以便能够主持大明的军事战略。在这方面周延儒有自知之明，也怕自行处置出了差错，于是但凡涉及兵事的必然征询刘重元的意见，或者干脆交给刘重元票拟。
重新回到兵部，刘重元倒颇有些如鱼得水的感觉，在兵部八年，对于兵部上下的一草一木一砖一瓦他都了如指掌，这几年出征在外他对兵部也有了很多不一样的想法，这些天在内阁枯坐倒是将这些想法都一一整理了出来，于是这一日一大早，他到兵部见到了主要属员之后，
就将几个昔日的心腹叫到值房商讨整日。
兵部尚书刘重元之下有两位侍郎，左侍郎吕大器兼任职方司郎中，右侍郎冯元飙。虽说侍郎低于尚书，但是与尚书一样都是堂上官，都可以代表兵部向皇帝和朝廷上奏折言事，尚书也没有权利强行命令侍郎，这也是大明异论相搅上下相制的政治文化的一部分。
好在吕大器一向倾服刘重元的才华和功绩，冯元飙虽说科名早于刘重元两科，但是颇为正直无私，对于刘重元也很是支持。
刘重元于是先对两位侍郎谈及自己的想法。对于兵部，刘重元希望能够发挥更大的作用，而不是仅仅作为官僚机构做些因循守旧的事情，而要发挥更加重要的作用，首要的是要建设一支富有执行力的队伍。
因此，刘重元的第一个想法就是在兵部重新实施考成法。所谓考成法，是万历年间张居正为相是推行的一种对官员进行考核的办法。具体来说，就是将要办的事情订立期限登记在账本上，到期核查考评，按照完成与未完成，完成的好与坏，分别进行奖功罚过。考成法实施之后，一扫朝堂上遇事推诿、得过且过的政风，极大地扭转了官场风气，为万历新政打下了坚实基础。
张居正死后被清算，很多好的制度都被废除，其中就包括考成法，毕竟当官的谁都不喜欢头上戴着个紧箍咒。可是数十年来，不断的有正直官员上书提出重新恢复考成法，但都不了了之。刘重元提出在兵部实施考成法，对兵部上下官员进行考核，倒也算是响应舆论了，因此得到了吕大器、冯元飙、陈子龙等大臣的一致赞同。
具体来说，刘重元首先命令在兵部建立起考勤制度，每日除非早朝则按时签到，每日晚间离衙归家也要签到，有事要请假，无事不得迟到早退。以改变过去官员们无所事事四处游荡串联的坏毛病。
然后，刘重元与吕冯陈等主要部属商定，给兵部每个官员都划定了职责范围，分配一定的具体工作内容，设定完成时间和考核节点，然后又指派专人监督核查，到时间之后当众进行考核评定。
与过往的公事不同，刘重元发挥统军打仗时发号施令的样子，每个人的每项工作都下达的很是明确和细致，完成之后拿出什么业绩，具体如何考评都规定的清清楚楚，让人毫无推诿敷衍的余地。
刘重元指令将工作内容考核节点制成一张大表，悬挂在兵部大堂之内，每名官员进出都能看得到，自己的工作完成到哪一步，什么时候将被考核，只看一眼大表就一目了然。
如此这般不过十余日，兵部上下忙得鸡飞狗跳之余，刘重元也被成为小江陵，意指其效仿万历年间的张居正。
说起来两人倒有几分相似之处。张居正乃是湖广江陵人，刘重元乃是湖广黄州人，倒算得上是半个老乡。张居正少年得志，二十三岁即中进士，授翰林，四十二岁即入阁辅政；刘重元则在十九岁就中进士，只是名次不高而已，但是却后来居上，三十四岁就入阁为次辅。