车驾司还应该管理厩牧之事，也就是马政，但其实这项职能是与太仆寺重叠的，正好太仆寺也是归兵部管理，刘重元准备找个时间在与太仆寺卿谈一谈如何重振大明的马政，毕竟随着东虏统治整个草原，对草原的管控越来越严格，虽然宣大军收复河套，但是多尔衮部的紧随而至让大明仍然不能与蒙古诸部接触。可以想见大明从蒙古取得战马的途径只会越来越难。在这种情况下，必须尽量的恢复马政，自行养马，来供应数十万的明军。而且刘重元在设立金州军马场的时候，也是想要改良大明的马种，提高自养马匹的性能，如今执掌兵部，正好管着太仆寺，也就能更方便的做这件事了。
兵部四大清吏司最后一个是武库清吏司，专司负责军械的更换，制造，贮藏，以及研发，也是刘重元对于兵部最不满意的一个部门。说起来可笑，偌大的一个大明，兵器的数量、质量现在居然不如蛮夷的东虏，以至于边军将士使用的军械从来都是不足，永远都是在缺乏甲胄、火器等。
数量不足、质量很差也就算了，武库司还仰仗着管理武器库，而坐地生财，哪边给的钱多就供给质量好的武器，哪边要是给的钱少就给些烂货，若是干脆不给钱的，那就一边儿候着去，排队排在前面的多了。所以，按道理武库司只是个管理仓库的，但是武库司被视为兵部除武选司之外最肥的部门，有的是人争着送钱来。
刘重元当然不能放过武库司。他首先命令武库司核查兵部所有在库的武器装备物资，检查储备状态，做出一个详细的列表出来，然后先是派人，然后自己又亲自进行复查，确保手上掌握的是最新、最全也是最可靠的兵器储备状况。
然后行文辽东、北洋、直隶、宣大、陕甘、湖广、凤阳等有战事的军镇，要求他们上书兵器的缺额，当然也不是他们说是缺多少就是多少，报上来的数据兵部也会派人去核查的，各军镇内的兵备道按道理都是兵部的派出机构，都应该领受兵部的指令，所以不用担心会受到蒙蔽。
刘重元随机按照各镇战事与否、战事的紧迫程度以及军械的缺额程度，命人排列了一个军械补充计划，然后通报给兵部各司以及各军镇，公开透明的处理军械补给问题，从而彻底的斩断武库司吃拿卡要的手。
当然大明军械不行最大的问题在于军械的生产是由工部以及内廷兵仗局负责，而偏偏工部和兵仗局所属的军械厂都日渐萎缩，而且贪腐横行，工匠被压榨严重纷纷逃亡，做出来的军械自然是即差且少，生产出来的少，送到兵部手里自然是不敷分配。
对此，刘重元暂时也没什么好办法，再怎么上书朝廷，再怎么行文工部和兵仗局，也是解决不了实际问题，大明的体制在这儿，兵部的权利虽然大，但是也要受到限制。好在无论是北洋、辽东还是直隶等边镇，总督都在自己辖区内建设了兵工厂，自行生产各类武器装备，虽说做不到自给自足，但好歹不至于那么的匮乏。而且自己造的自己用，总不会出现质量问题。
现在问题比较大的是陕甘那边，三个军镇都要重建，需要大量的武器装备，偏偏陕甘又是连年的战乱和饥荒，根本不可能组织起军械生产，因此，刘重元指令武库司将现有库存的紧着陕甘的需要，能拨付多少就拨付多少。同时写信给孙传庭，让他在向朝廷上疏请求拨付军械的同时，可以试着向北洋、直隶等地的兵工厂购买，以解燃眉之急。
刘重元也在考虑，要不要将北洋、辽东和直隶等地办理的兵工厂收归到兵部，统一规划，扩大生产，从而重建大明的军工生产体系。但是仔细的想了想，还是算了，如果提出这个建议，恐怕朝廷不是收归兵部，而是交给工部，到时候没有拿到军工生产事小，工部将好不容易能够保质保量生产军械的几大军工厂又给败坏了，才是搬起石头砸自己的脚。
花了好几天的时间，将兵部的事务梳理了一遍，大体上也形成了自己的整顿思路，刘重元将之写成一份详尽的奏章，将兵部整顿的重要性和紧迫性，向皇帝和朝廷做汇报。其实这些问题，历任的兵部尚书都能看得到，但是除了少数几任之外，大部分都是因循守旧，抱着多一事不如少一事的态度，不愿意折腾，不愿意得罪人，不愿意闹出动静，成为御史言官的目标，能够维持不出事就已经阿弥陀佛了。
而少数几任有所作为的，例如前任杨嗣昌，他们或许想要有所变革，但是更多地仍旧是以身作则的约束属下，希望能稍稍有所改观，更多的改变则拿不出太多的办法。而刘重元不同，他深知团队的重要性，于是更多的从兵部内提拔有志向有能力的官员，建设一支高效、勤奋的兵部管理队伍，督促他们去改变兵部。在他巨大的威望下，只要不是太过分的改革内容，基本上兵部内都是谨遵执行的份。
这一日，大朝之后，阁老们照例去往平台，与皇帝一起商议国事，走在最前面的周延儒稍等了等，与刘重元并肩而行，笑着说道：“子乔这些时日一直忙于兵部的事情，对内阁的事情倒是忽视了些，老夫身上的担子重了不少啊！”
这话说的，刘重元都快要吐出来了，但也笑着说道：“首辅