皇帝暗自的思索着这其中的利弊得失。这个所谓的军机处，其实与内阁颇为相似，都是介于皇帝和大臣们之间的机构，只是军机处专办军务，不像内阁大小政务皆可办理；但是相比仅仅是词臣形象的内阁大学士，军机处又包含了六部和五军都督府的长官，即可做出决策也可以负责执行，职权更大。军机处和内阁，这样说起来倒像是宋朝时的枢密院与中书省。
这就涉及到大明的朝廷顶层设计的问题了，皇帝瞄了一眼刘重元，暗自想起之前杨嗣昌临终前所说的王佐之才，再想起之前刘重元所提议的设立北洋总督、直隶总督和辽东总督，一举解决了朝廷对东虏作战，机构设置重床叠架之弊，不禁暗自赞叹这位刘先生倒是高屋建瓴看得极深。
随后，刘重元就军机处如何运作，如何保密，如何选择属员，与内阁的职权如何划分，一一做了详尽的说明。思路清晰、有理有据，让皇帝很是信服。
一直谈到深夜时分，眼见皇帝再无其他疑问，却还没有下定决心，刘重元这才说道：“只顾着说军机处的事情，倒是把正事扔在一边了。”皇帝这才想起来，刘重元漏夜前来是为了汇报兵部关于解围锦州的作战方案。
方案一，是放弃镇江城，北洋只保留金州一个点，汇集北洋督标营、金州镇和东江镇，一起渡海在小凌河河口登陆，从侧翼进攻围攻锦州的东虏，然后辽东镇全军从正面进攻，锦州守军也出城逆袭，三路明军内外夹攻，一举打破锦州之围。缺点是北洋辛苦收复的复州和镇江城要放弃，东虏则可以重新进攻朝鲜，从而逼迫朝鲜再一次背弃大明重投东虏怀抱。
还有风险在于，金州镇乃是重建之军，而且三路大军需要分进合击，十分考验三军的配合，一个配合不好，不能同时抵达战场，很有可能就被东虏各个击破，重蹈当年萨尔浒之战的覆辙。
方案二，就是兵部陈子壮等人拟就的方案，也就是集中北洋督标营、勇卫营和直隶军主力，会同辽东军一起，一线平推过去，与东虏在锦州城下决战。勇卫营和直隶军都是装备精良、训练有素又经历过大战考验的强军，再加上辽东军，汇集起来的兵力，倒真有把握与东虏一战。
只是直隶肩负着守卫蓟州长城，防止东虏再一次从这里越过长城攻入京畿，而勇卫营作为京师唯一具备战斗力的军队，肩负着守卫京师的重任，若是调往锦州，虽说路途不远时间不长，京师直隶防务的空窗期较短，但终究是将京师至于危险之中。
当然，刘重元这里也向皇帝说明，两个方案，无论是哪一种，都必须严格保密，决不能像过往一样还没有实施，京城里面已经议论的满天飞，东虏早早地就得到了消息做好了准备。若是实施第二方案，东虏大有可能放弃锦州，然后偷渡蒙古草原，从蓟州直插京畿，再重演一次乙巳之变。
夜已深，刘重元见皇帝沉吟未决，于是赶紧的告辞出宫。回到家里吃下几口热乎饭菜和热茶，连衣服都没有脱，就仰躺在软塌上睡着了，睡了不到一个多时辰，要被王氏匆匆叫醒，稍稍洗漱吃了个肉饼之后，就又赶着去往宫中上朝，大朝之后又是内阁、六部九卿、都察院和五军都督府的单独召对。
见到皇帝一脸疲态，两个黑黑的眼圈怎么也遮盖不住。显然昨晚议事太晚，刘重元走后，皇帝又思索他所提的军机处之想法，以及两个解救锦州的方案，翻来覆去难以入眠，刚刚有些睡意就得上朝了。
“昨夜，次辅刘先生单独召对，向朕提议设立军机处，以专管军机要事。朕苦思一晚上，只觉兹事体大，所以发内阁、六部九卿、都察院等一同商议。”说着皇帝对刘重元说道：“先生，你且将军机处之设想与诸位臣工在详说一番。”
“是！”刘重元施礼然后面向其他大臣，将军机处的职能、组成和运行方式，一一详述出来。顿时引起殿内轩然大波。
很显然，成立军机处，首先侵袭的就是内阁，不，准确的说是内阁首辅周延儒的权利，过往大事小事都是经过他拟票，虽说大部分时候事关兵事的都交给刘重元拟票，但是他可以交出也可以不交出，他可以自有选择，例如涉及边镇督抚的人选，他就不会交给刘重元拟票。
可是等到军机处成立，举凡事关兵事的，都从内阁转入军机处处理，那就相当于将兵事这一块儿从内阁剥离，与周延儒再无关系。更严重的是，当今大明内有闯贼外有东虏，战事连绵，大部分政务都是涉及兵事。兵事怎么定义？哪些事情是跟兵事有关要由军机处处理，这个可以争议的地方可就太多了。严重地说，周延儒一半的职权都被划走，大明九成的财政开支都用于兵事。
所以，殿内大臣们纷纷看向周延儒，看他如何出言反对。但是周延儒一直平静的听着，并未出言驳斥反对，因为他还看不清楚皇帝的态度，不敢贸然反对，何况他不用着急，自然会有人站出来。
果然，黄道周未等刘重元说完就站出来，大骂刘重元狼子野心居心叵测，居然擅改祖制，其心可诛。所谓成立军机处，是为了揽权擅政，是为了做那军机处首辅；所谓保密，就是为了摆脱御史言官
的监督，以便肆意妄为。请皇上重治其罪，以为后人戒！
刘重元微微摇摇头，嘴角露出一丝嘲讽，果然还是他黄道周站出来，其人真是迂腐的可怜。果然未等刘重元回应，皇帝就不耐烦的命令将黄道周赶出去，他实在是受够了黄道周迂腐的言行，偏偏这些个文臣还将他当宝一样供在朝廷里。
又是范景文站出来为黄道周求情，然后朝刘重元说道：“少詹事性情急躁，言语颇为激进。但是对于所谓军机处，少詹事的质疑也不是没有道理。祖宗之法，岂可擅改？在说太祖皇帝设立都察院给事中，就是为了查漏补缺，为了发现不法之事，军机处往来奏疏全都保密，不让都察院知晓，实为躲避监督，包藏祸心是也！”
对于范景文义正言辞的指控，刘重元不得不严阵以待，辩解说道：“总宪说祖宗之法不可擅改，可是学生分明记得：太祖皇帝初年，设大将军主征伐，前方文武俱听号令；后期又设塞王主征伐，以皇子守边，文武听奉号令！到了成祖皇帝时期，五次亲征漠北。学生倒要问问总宪，现如今我们遵照的是哪一位祖宗的祖制？”
“这个？”范景文哑口无言。大将军那是武将统军，塞王那是亲王领兵，皇帝亲征，三者无论哪一个都是朝野上下都不愿意看到的。文臣士大夫花了两百年的时间，才让三者靠边站，他范景文哪敢说还回去的话。
“时移世易，制度自然要跟着改变，说起祖制，这内阁、司礼监、五军都督府、宗室，哪一项不是变的面目全非了？这些能变，今日说起军机处，总宪却不论对否，只以一个祖制来说事，是不是太过掩耳盗铃了？”
“再说都察院监督的职权，说军机处躲避监督，确有其事，那是因为军国大事保密为要，臣不密则失君，君不密则失国。军国大事很多时候确是不便于拿到朝堂上来辩论，总宪也曾经督抚一方，领军作战，自然明白这个道理。但是军机处也不是没有监督，这一来，军机处所有施为，都是秉持皇上旨意，举凡军国大事，都要禀明皇上请旨施行，有圣明烛照的皇上监督，又何惧奸邪？二来，军机处也不总是保密，一旦军事战略施行过后，相关奏折文档也还是要移送通政司存档的，届时都察院在细究，相信也是来得及的。”
刘重元这样一番说辞，有理有据，说的范景文无言以对。但是阎王好过，小鬼难缠，几个给事中立即就站出来，对刘重元的说法大加驳斥。他们也不讲道理，只是翻来覆去的以论心定罪，认为刘重元提议军机处，就是为了他个人揽权。一个个牙尖舌利，引经据典，让刘重元几无申辩之处。其他大臣也都反对在成立一个军机处，认为与内阁重床叠架并无太大益处。