如此一来，在南苑将同时引来虎贲军的三个教导营，第一营以锦衣卫军官为主，现在只剩下了七十多人；第二营以在京亲军二十六卫军官为主，总计有两百多人；第三营则以直隶各地的士子为主，总计有四百多人。
而在南面，从山东出发的上千名原督标营教导营士子则已经乘船赶到了天津，从天津上岸来京的路上，其中前几个班三百多名学员将会分派到羽林军的三个镇，尤其是第三镇，由于目前只有骑营和台湾远征军，兵力以及军官都远远不够，需要大量的补充。至于后几个班的七百多学员，则将会在京师继续完成学业。
按照刘重元的指示，兵部已经上书在拱极城设立大明讲武堂，作为大明的军官学校培育更多的军事人才。大明自立国之初就十分重视武学的发展，太祖时期要求在每个卫所都设置卫儒学，专门招收武官子弟和军籍之家子弟。京师也同样设立有京卫武学，专门招收在京的卫所武官子弟入学，讲究文武并重，除了选择娴熟骑射、骁勇善战的军官来教导之外，还有大儒教导四书五经和武经七书。
这些武官子弟必须认真学习文习化知识，同时认真练习武术，才能考核达标，而只有考核达标，才能取得继承其父兄世职的可能。也就是，虽然卫所军官是世袭制，父死子继，但是继任者必须接受兵部的考核，若是考核不合格，就不能继承。所以，武官子弟决不能混吃等死，必须在武学或者卫学里好好学习天天向上，成年后到京师接受兵部的考核，合格之后才能继承官爵。
可是两百多年来，再好的经书也被歪嘴和尚唱歪了。社会风气利欲横行、奢侈贪婪，先是接受武官贿赂，考核标准一降再降，然后干脆就没有了标准，让大批混吃等死的无能之辈继承官职，以致大明卫所越发的不堪。更可怕的是，交钱的可以放过，而不交钱的是绝不放过，一批批英武有为的军官不能继承官爵。例如大名鼎鼎的李成梁，直到四十岁才走通了门路，继承他家世袭的铁岭卫指挥佥事。
授官如此，培训军官的武学自然更是乌烟瘴气，全然失去了原本设立的目的。当然回过头来，大明的武学原本也因循守旧，两百年教授的东西都是一样，教谕和训导要么是混日子，要么是并无真才实学的书呆子，能教出什么好苗子。
经过刘重元认真规划的讲武堂，将会仿照后世的军校模式，以系统、科学的教育方式，来培养大明的未来军官。与之前的武学相比，首先这个级别上就不一样，讲武堂刘重元将会自己兼任山长，然后由资深的羽林军军官担任教育长和各级教官，由兵部精选出担任过巡抚、兵备道的官员来讲武堂担任国学教员和战略战术课教授等。总之，讲武堂的教官、教授都是经历过战事的优秀军官、文官来担任，他们既有为国为民的热诚，又有丰富的军政和战争经验，他们数年数十年积累的丰富知识将在数年里输灌给学员们。讲武堂将分别按照步、骑、炮、水师、辎重、会计进行分科，以分门别类的培养专门的人才。
与讲武堂发展相对应的，是刘重元对大明兵制的革命性改革。首先是彻底的废除卫所制以及其附带的军官世袭制度、卫所土地等等，刘重元计划大明今后所有的军官都必须出自讲武堂，以讲武堂培训出来的军官，逐步的取代其他所有的军官。军官也像文官一样，到年纪退休，子弟也不在世袭，彻底摒弃世袭制带来的巨大弊端。
没有了卫所，自然也就不存在卫所田地。除了边疆地区以及新开拓的地区之外，凡两京一十三省内陆地区，全面废除卫所以及卫所田地，将卫所行政建制归并入府州县，将卫所在籍官兵按照自愿原则选择是否转为名籍，所属的卫所田地则同样收归地方官有，由地方官平均分配租给民户。
这一项改革第一项试点的就是京师，以锦衣卫和亲军二十六卫为开端，兵部协同直隶总督衙门、顺天府，对京师卫所官兵进行统计、征询，绝大部分的卫所官兵都选择转为民籍，毕竟他们受够了世代为军户的痛苦。为了统计清楚、明白，不留死角、不引发冲突，刘重元命令兵部和顺天府上下要在开始之前缜密部署、统一行动、宣传到位、尽善尽美。
为此除了动员了兵部六成以上、顺天府全部的官员、吏员，还从翰林院、国子监和太学借用了上千名官员、士子来协助进行统计、征询、汇总和转移的工作。每一个亲卫官兵，由兵部差官当众询问是否转民籍，然后依据居住地的位置，由顺天府以及宛平、大兴两县当场办理入籍手续，告知该官兵户籍所在。
如此一直忙乎了大半个月，才算是清理完毕京营官兵、亲军二十六卫等所有在京卫所兵丁的军籍转民籍。京师数十万卫所兵丁及其家属皆欣喜若狂，高呼万岁。
虽然进行的很顺利，刘重元依然要求主持这项工作的兵部侍郎冯元飙总结成功的经验和失败的教训，然后集思广益探讨推行全国时可能出现的问题，编写出一本卫所改革的小册子，准备发两京一十三省巡抚总督，照此小册子，然后结合本省的实际情况，逐步的推行卫所改革示意。而首当其冲的就是直隶，毕竟直隶一省的卫所最多，卫所官兵数量庞大，若能完成改革，地方上将增加大量的田地和人丁。
“发给各省总督、巡抚的公文，一定要写清楚，虽然京城的改革成功了，但那不是放诸四海而皆准的公理，各省总督、巡抚一定要切实的考察本省卫所状况，在保持改革大方向的前提下，因地制宜的推动改革，切不可莽撞蛮干，更不可搞一刀切，把朝廷的诏令传达下去就万事大吉了。若是哪个省因为推行卫所改革而惹出乱子，朝廷一定要重重治罪，决不轻饶。”
听了刘重元的指示，一旁做记录的陈演连连点头口中称是，一边奋笔疾书，刘重元话音刚落，他的圣旨已经草拟完毕。刘重元拿起来一看，果然是言辞恳切、恩威兼备，将自己的想法说的很是清楚明白，不由满意的点点头，然后拿起笔填写了同意的票拟意见，然后交给一旁的中书舍人。
京师之变刘重元出任内阁总理已经快一个月了，内阁会议制度也运行的越发的流畅，而伴随而来的，刘重元也是越来越忙，内阁会议开会的时间也越来越长，毕竟朝野内外大大小小的事情，都需要内阁会议来做出决定。
当然还需要经过皇帝盖玺，这二十多天来，皇帝也逐渐看明白了内阁会议的厉害。内阁会议做出的每个决定，形式上都是内阁会议全体成员一致决定，代表着朝堂之上所有公卿的一致决定，而每一个公卿的资历、人脉发散出去，这个决定其实也代表着朝野上下士大夫的一致决定。
而百官尤其是内阁会议与会大臣也认识到这一点，自觉地开始维护内阁会议的权威，反击任何对内阁会议的攻击，发动同门、同年、同学以及弟子，所有的关系网，为内阁会议筑起一道道的防火墙。尤其是当面对皇帝的威胁之时，内阁会议成员开始团结起来，团结在刘重元的周围对抗皇帝的权利侵袭。
因此当皇帝试图否决内阁会议做出的决议，将奏本打回之时，立即遭到举朝上下的反对，朝中上下尤其是御史言官纷纷向皇帝进谏，要求他尊重贤臣，不要任性妄为云云，让皇帝颜面大失，之后不得不妥协。