大明的体制始自太祖时期。因为担忧权臣擅权揽政，所以太祖皇帝取消了中书丞相，直接面对六部九卿以及两京一十三省的主要官员。数一数有多少大臣向皇帝直接汇报工作，首先内阁阁老都是直接面对皇帝的，虽有首辅和次辅，但其他阁员也并不是首辅的下级，也可以直接向皇帝上书汇报工作；然后朝廷之中的六部、五寺、两监、两院和一府一司，所有的堂上官都可以向皇帝上书直接汇报工作。
六部不用说，吏户礼兵刑工；五寺指的是大理寺、鸿胪寺、光禄寺、太仆寺和太常寺；两监是指的国子监和钦天监；两院指的是督察院和翰林院；一府指的是宗人府；一司指的是通政使司。这其中除了六部之外，比较重要的是大理寺、督察院和通政使司，这九个部门的长官被称为九卿。但是其他的部门不是说不重要，他们也不是九卿的下属，他们都是直接向皇帝汇报的。而且不仅仅是各部寺的一把手才能向皇帝汇报，而是各部寺的堂上官都可以，哪些是堂上官？例如六部里，尚书和侍郎都是堂上官，侍郎并不完全是尚书的下属，他如果对部里某项政策有异议，议也可以直接向皇帝上书言事。也就是说，理论上，十七个部寺监院府司总计将会有五十多名官员直接向皇帝汇报工作。
这还仅仅是文官系统，武官系统则有五军都督府的十个都督，锦衣卫、府军前卫等亲军二十六卫的指挥使，京营三大营的将领，勇卫营的长官。而内廷还有二十四衙门，每个衙门都有掌印太监，司礼监还有秉笔和提督东厂太监等等，虽说一般以司礼监掌印太监为首，但是任是哪个皇帝也不敢将让一个太监统御整个内廷。
这还只是中央层面，地方上就更多了，十三行省每个省都有布政使司、按察使司和都指挥使司，分别负责地方上的行政、监察和兵事，虽然巡抚、总督权势崛起，但是如果这三司不认同总督巡抚，一样会直接上书朝廷。
照此粗粗一算，从朝廷到地方，总计有一百多人直接向皇帝负责，这还不算各边镇的总兵、镇守太监、各省的巡按御史等等。一百多人就各自负责的工作向皇帝汇报、请示，即便是这一百多人个个都没有私心杂念、一心为国，这皇帝也处理不过来啊！更何况，大明官场早已是敷衍塞责、贪腐横行、结党营私，全部杀掉估计有冤枉的，但是隔一个杀一个肯定是有漏网之鱼。面对这样一项工作，养于深宫之中长于妇人之手的皇帝怎么可能胜任的了？
用后世的话说，每个领导者下属五到六人是最佳的配置，因为下属太多横向结构太宽，领导者就很难去了解下属所做的工作，甚至连下属是谁？有何特长？有何短板都搞不清楚。何谈有效的管理呢！
事实上，别说皇帝胜任不了，就算是刘重元都觉得倍感吃力，每天有开不完的会，见不完的人，批阅不完的奏章。因此，内阁会议没有几天，他就提出一项动议，在内阁会议之中分别设立行政、军事、财政、人事、监察和内廷科，分别由若干内阁成员组成，例如军事科由刘重元担任仆射，包括原来几个军机大臣蒋德璟、刘遵宪和徐允祯，凡军事方面一般性事务，就由军事科自觉即可，通报其他内阁阁员知道。
行政科由范复粹出任仆射，包括负责处理朝廷、地方一般性的日常事务；财政科、人事、监察和内廷，顾名思义，都是专门针对相应的事务而特别设立的。与单纯的户部、吏部、都察院不同，财政科汇聚了户部尚书蒋德璟、光禄寺卿谢昇、内阁阁老贺逢圣、工部尚书刘遵宪，将大明目下具有财政能力的部门都囊括进来，以便能够统一收支状况。
除此六科之外，内阁会议还设立了中书科，由通政使何世寿担任仆射，类似于后世的国务院办公厅，专门负责处理内阁日常事务的执行，另外还有一项重要工作，就是督导和考核各部寺衙门的执行。例如，内阁会议商定户部在一个月内筹集军饷三十万两到天津，然后由北洋军水师起运到盖州，犒赏北洋军，那么一个月之后，就要由中书科核查，户部的三十万两军饷是否运到了天津。
这其实就是刘重元之前在兵部推行的考成法，进一步扩大到整个朝堂。大明两百多年下来，朝堂上下最大的问题就是重议论而轻执行，上上下下的官员都喜欢议论，希望能够一鸣惊人，提出一些空泛、不切实际的计划，却根本不管能不能执行，能不能推行的下去。好发大言的人享受朝野上下的赞誉，而埋头苦干付诸实施的人确是默默无闻，出现了问题还要背锅。更严重的是，很多时候朝堂上做出的决策都是流于纸面，根本没有付诸实施就束之高阁。
往往为了某事而争得你死我活，好不容易做出了决策之后，却无人再关心实施状况，各部寺下面的中低层官员、吏员以及地方上的官吏，也知道朝廷的这个毛病，因此碰到为难之事，当然不能硬顶，往往拖延下来，待上面忘了之后也就不了了之了。
刘重元当然不能容忍这种情况，因此跟内阁阁员们商量，成立中书科，专门负责考成。每次内阁会议商定的事情，分派给各部寺衙门以及地方官府，都要将要办的事情订立期限登记在账本上，到期核查考评，按照完成与未完成，完成的好与坏，分别进行奖功罚过。之前在兵部，考成法实施之后，一扫兵部上下遇事推诿、得过且过的风气，极大地提高了兵部的行事效率，成为京师官场的表率。现在推行到整个朝廷，刘重元希望能够起到同样的效果。
六科加上中书，各负其责之后，日常性的、一般的政务都由各科自行决定，只有大的军国重事才提交到内阁会议进行讨论。至于哪些是军国重事，就需要内阁会议再运行过程中不断地摸索和调整了。
“总理，三边总督和陕西巡抚再次联名奏请朝廷减免陕甘明年的赋税，以纾民困，我们财政科的意见是，应当答应为宜。陕甘今年虽说旱灾有所缓解，但是经过十余年与流寇往来厮杀，早已十分的残破，百姓流离失所，田地荒芜，而且陕西还要负担驻潼关的陕甘秦军粮饷，负担很重，若再要强征赋税，恐怕会引起新的民变啊！”内阁会议现在效率高了很多，举凡军国重事，相应部门也会提出自己的意见提交讨论。
“若是减免陕甘明年的赋税，那且不说上缴朝廷的五十万两银子没了着落，就是陕甘秦军现有军饷以及新编部队的军饷，也得朝廷拨付，还有陕甘一省大大小小的官员薪俸，陕甘有秦王、肃王、瑞王和庆王四大王府，郡王府有六十七座，这些宗室的薪俸一年也得数十万两。总理，阁老，若是应允陕甘所请，减免明年赋税，朝廷恐怕需要另外多支出一百五十万到两百万两银子之间。”一涉及到减赋，即便是一向悲天悯人的蒋德璟，也不得不一脸为难的提出反对意见，实在是大明的财政状况实在太恶劣了。
之前几天，内阁会议就做出了决议，以流寇大体已经剿灭为由，决定从明年开始永久免征剿饷。事实上，从崇祯十年开始征剿饷时就说好，剿饷是只征一年的，结果流寇一直没有完全剿灭，大明又实在是需要庞大的剿饷维持开支，这剿饷就从十年一直征到了今年，可谓是朝廷大大的失信于民。内阁会议新政新气象，首先就拿这一让全国老百姓深恶痛绝的恶政开刀，直接全面取消。为此，户部每年都要减少二百八十万两银子的收入，现在要再减免陕西一省的赋税，户部又要多开支近两百万两银子，压力可就太大了。
更何况，陕西请求减免，那直隶要不要减免？山东依然在遭受旱灾要不要减免？若都减免了，那大明明年就不用过日子了。别说编练羽林军、虎贲军了，也别说剿灭闯贼，相机进逼东虏了，恐怕明年能够稍微维持住局面就不错了。
眼见内阁争论不休，只好都看向刘重元，希望一直沉默的他能够拿个意见。刘重元为难的对蒋德憬说道：“中葆兄，明年财政很困难，但是总比不过陕西困难，我听说总督赵光抃原本家里豪富，为了支援陕西支持陕甘秦军的复建，拿出家中三万多两银子充饷，咱们再不支援一下陕西，恐怕说不过去吧！我的意见，还是同意陕西所请，至于由此产生的近两百万两银子的亏空，咱们再另想办法吧！”
眼见刘重元如此说，蒋德璟亦不好再出言反对，他也知道陕西实在是太过困难，其他内阁成员于是也都纷纷附和，这项决议也就顺利通过了。
刘重元想了想又说道：“陕西残破，又连年干旱，恐怕即便是免去了明年的赋税，日子也很是艰难，依我看除了减免赋税，也要有其他措施。应该行文秦督，多多招募陕甘精兵，一来招募成本低廉，二来也是防止这些精壮衣食无着而从贼作乱。”
“总理这是效仿宋朝灾荒招兵的故智啊！”范复粹赞叹说道。
“可是，这岂不是又要增加开支吗？”蒋德璟没好气的问道。
“陕甘秦军，坚韧敢战，是为我朝精兵所在。如今陕甘穷困，招兵养兵成本低，正好多加招募；而江南一带民风柔弱，百姓殷富，招兵养兵成本高，正好多出赋税；如此结合，正是取长补短的办法。至于多出来的开支，还是要落在南直隶、浙江、湖广和两广这些富庶省份身上。”
其实大明的赋税征收相当的不合理，湖广、两广、四川这些富庶省份的赋税很低，而陕西、河南和山东的赋税额度太高。尤其是在北方连续遭受天灾和战乱的情况下，继续强征赋税，无异于是将老百姓都往流寇的道路上逼。这其中很大原因是，湖广、两广和四川在大明开国初期刚刚收复，人丁稀少，所以厘定的田亩较少，两百多年来虽然人口繁衍、荒地开垦很多，但是大都被豪门富户隐瞒了下来，地方官也是多一事不如少一事，赋税多少跟他们没有关系，反正按照额度完成就算是考评优良了，何必提高额度呢，以至于这三省一直是按照开国时期的田亩数量进行缴税。
现在局势刚刚稳定下来，不适合进行清丈土地，但是想办法从这些省份多征一些以弥补北方三省减免赋税带来的亏空，还是做得到的。